慧日講堂是對一般大眾講經說法的道場，為出家眾與在家眾共用的福地，印順導師早年主持講堂時，一年四季（晚上）講經，短也在半個月以上，曾開示過《大寶積經‧普明菩薩會》、《地藏菩薩之聖德及其法門》、《往生淨土論講記》、《辨法法性論講記》、《大樹緊那羅王所問經偈頌講記》等專題，其後並記錄成書；此外，一年舉辦三次法會，星期日共修都有開示。

經過三、四十年的弘法利生，民國84年（公元1995年），講堂經無數次颱風、地震及蟲蟻侵蝕，殿宇頹壞，逢雨必漏，履修難復，且早年之建物已難符合現代弘法需求，在當時住持如虛法師任內經僧團會議決議拆除重建。當時正巧寬謙法師協助真華長老完成新竹福嚴佛學院的重建，在佛學院落成典禮上，如虛法師遂委託寬謙法師進行慧日講堂的重建。在設計過程中，最爲困難的是如何顯現「慧日」的人間佛教法義，爲此，寬謙法師特請皈依印順導師座下的景觀雕塑家楊英風教授設計建築立面，楊教授採用了中文「慧」和立體幾何的圓形弧面來表現「日」，象徵般若智慧與佛陀佛光，內部則由寬謙法師協助設計，內部是現代化的建築，一樓是大殿，二樓是講堂及圖書館、印順導師紀念室，三樓是小教室，四樓及五樓是僧眾寮房，擺脫中國仿宮殿樣式的都會佛寺，是落實人間佛教化的現代化學佛空間。講堂內部寬敞，可容納四百餘人聽講，兩側設有靜室十數間供住眾潛修，另建有正聞圖書館一棟供弘法之用，工程歷時二年，於民國86年一月舉行大殿落成暨佛像開光典禮。